U chorych w okresie kiły późnej niezbędne jest badanie okulistyczne i neurologiczne. Badanie okulistyczne, poza charakterystyką zachowania się źrenic, powinno określić, czy nie ma zmian na dnie oka (objawy wzmożonego ciśnienia śródczaszkowego, występujące w przypadkach guza mózgu, rzadziej kilaka mózgu) oraz czy nie ma objawów rozpoczynającego się zaniku nerwu wzrokowego. W przypadkach zaniku nerwu wzrokowego upośledzenie widzenia postępuje wolno i rozpoczyna się zwykle w częściach obwodowych pola widzenia. Chorzy adaptują się do stopniowego narastania tych objawów i zgłaszają się po poradę najczęściej w okresie zmian daleko posuniętych. Badanie okulistyczne jest również konieczne przed wykonaniem nakłucia lędźwiowego (wzmożenie ciśnienia śródczaszkowego jest jednym z przeciwwskazań do nakłucia). Większość chorych na kiłę późną — to osoby w wieku średnim lub starszym. Mogą u nich współistnieć inne choroby związane z wiekiem, jak nadciśnienie, choroba wieńcowa lub choroba nowotworowa. Dokładne badanie kliniczne powinno ustalić, jakie zmiany w ustroju zostały spowodowane przez kiłę, a jakie przez choroby współistniejące. Czasami choroba współistniejąca może być dla chorego życiowo ważniejsza, niż stwierdzone zakażenie kiłowe. W takich przypadkach leczenie kiły może być przesunięte na drugi plan. W kile późnej dokładne stwierdzenie stanu zdrowia przed rozpoczęciem leczenia jest również ważne z tego powodu, że porównywanie stanu klinicznego przed leczeniem i po leczeniu jest jednym, a czasami jedynym kryterium oceny wyniku leczenia i dalszego rokowania. W przypadkach kiły utajonej, w których rozpoznanie opiera się wyłącznie na wynikach badania serologicznego, należy pamiętać o możliwości nieswoistych (biologicznie fałszywych) odczynów serologicznych. W takich przypadkach niezbędne jest wykonanie weryfikacyjnego odczynu Nelsona-Mayera. Do badań pracownianych w kile należą: a) badania na obecność krętków bladych surowiczej wydzieliny z wykwitów kiłowych lub pobranej przez nakłucie z węzłów chłonnych; b) badania krwi na serologiczne odczyny kiłowe; c) badania płynu mózgowo-rdzeniowego.
