Nietypowy przebieg kiły wczesnej jest obecnie zjawiskiem dość częstym. Objaw pierwotny może rozpoczynać się od banalnej, małej nadżerki lub innych nietypowych, powierzchownych zmian zapalnych na narządach płciowych. Pacjent zgłaszający się do lekarza w tym stanie nieraz nie wzbudza podejrzenia co do możliwości zakażenia kiłą i często otrzymuje miejscowe środki lecznicze (maść z antybiotykiem, zasypkę itp.). Środki te mogą spowodować wygojenia zmiany pierwotnej, lecz nie znoszą zakaźności chorego. Choroba rozwija się dalej i ujawnia się ponownie po kilku tygodniach, w okresie wtórnych zmian nawrotowych. Zdarzają się również błędy diagnostyczne nawet wtedy, kiedy objawy są bardzo typowe. Znane są np. przypadki operowania chorych z grudkami kiłowymi w okolicy odbytu, rozpoznawanych jako guzy krwawnicowe. Przyczyn późnego rozpoznawania kiły jest na pewno więcej. Jedną z najważniejszych jest brak dostatecznego uświadomienia wśród społeczeństwa. Również wielu lekarzy odbywało swoje studia w okresie nadmiernego optymizmu co do niebezpieczeństwa kiły, kiedy sądzono, że należy ona do zanikających chorób zakaźnych. Stąd wynika u wielu lekarzy brak dostatecznej czujności i podejrzliwości w stosunku do pozornie niewinnie wyglądających objawów klinicznych.